W 1877 roku Jindřich Malý odwiedził ówczesne Czeskie Muzeum Przemysłowe, które później stało się Muzeum Náprstek, i podarował do zbiorów drewniany maczugę z archipelagu Fidżi. Obiekt ten stał się podstawą późniejszej, obszernej kolekcji. Do końca XIX wieku kolekcja była powiększana przede wszystkim za pośrednictwem darowizn od prywatnych kolekcjonerów i podróżników, a po powstaniu państwa czechosłowackiego także za pośrednictwem transferów i zapisów testamentowych.
Od lat 50. XX wieku zaczęto realizować zamiar uczynienia z Muzeum Náprstek jedynego muzeum w kraju specjalizującego się w kulturach pozaeuropejskich, w związku z czym poszczególne muzea regionalne zaczęły przekazywać do jego zbiorów swoje zbiory pozaeuropejskie. W latach późniejszych miały miejsce również znaczące zakupy, w tym zakupy obszernych kolekcji od prywatnych kolekcjonerów w kraju i za granicą.
Przez ponad 130 lat Muzeum Náprstek zgromadziło ponad 6000 kolekcji z Australii i Oceanii.