Zbiory Muzeum Uniwersyteckiego to przede wszystkim dzieła sztuki polskiej na świecie powstałe w XX wieku. Gromadzone od prawie 30 lat (początkowo w Archiwum Emigracji, a od 2004 roku w Muzeum), liczą obecnie ponad 30 tys. obiektów, wśród nich malarstwo, rzeźba, rysunki, grafika, fotografie oraz spuścizny archiwalne i dokumenty polskiego życia artystycznego na świecie. Najcenniejsza jest kolekcja sztuki polskiej w Wielkiej Brytanii, w tym:
dar Maryli Żuławskiej – prace Marka Żuławskiego, Halimy Nałęcz, Haliny Korn-Żuławskiej oraz innych artystów plastyków polskich z Wielkiej Brytanii
dar Pauliny Turkiewicz – prace Zygmunta Turkiewicza i innych artystów polskich z Wielkiej Brytanii
dar Oleńki Frenkiel – prace jej ojca, Stanisława Frenkla
dar Janiny Kościałkowskiej – prace Mariana Kościałkowskiego
dar rodziny Mariana Kratochwila z Polski – prace Mariana Kratochwila.
Ponadto dary osób prywatnych i instytucji, na które składają się prace takich m.in. artystów plastyków jak: Jankiel Adler, Janina Baranowska, Tadeusz Beutlich, Janina Bogucka-Wolff, Marian Bohusz-Szyszko, Caziel, Zdzisław Czermański, Andrzej Dzierżyński, Kazimierz Dźwig, Janusz Eichler, Feliks Fabian, Jerzy Faczyński, Wojciech Falkowski, Irena Fusek-Forosiewicz, Ewa Gargulińska, Danuta Gierc, Izabela Godlewska de Aranda, Henryk Gotlib, Tadeusz Ilnicki, Witold Kawalec, Zofia Kobylińska-Olszewska, Tadeusz Koper, Adam Kossowski, Bolesław Leitgeber, Józef Natanson, Lutka Pink, Tadeusz Piotrowski, Józef Piwowar, Zdzisław Ruszkowski, Kazimierz Stachiewicz, Jerzy Stocki, Halina Sukiennicka, Władysław R. Szomański, Franciszka Themerson, Feliks Topolski, Aleksander Werner, Alfred Wolmark, Tadeusz Znicz-Muszyński i inni.
Nie mniej cenną jest kolekcja sztuki polskiej we Francji, w tym:
dar Haliny Oberlander – prace Marka Oberlandera
dar Witolda Leitgebera – prace Konstantego Brandla
dar Ryszarda Bilana – prace własne
dar Tadeusza A. Lewandowskiego – prace własne
dar Janiny Jasińskiej-Luterek – prace własne
dar Leona Piesowockiego – prace artysty
Ponadto dary osób prywatnych i instytucji: Henryk Berlewi, Rafael Chwoles, Cyan, Józef Czapski, Izaak Dobrinski, Stefan Domaradzki, Bożenna Garstecka, Stanisław Grabowski, George van Haardt, Alicja Halicka, Józef Hecht, Władysław Jahl, Mieczysław Janikowski, Mojżesz Kisling, Artur Kolnik, Roman Kramsztyk, Jan Lebenstein, Tadeusz Lewandowski, Katarzyna Librowicz, Ludwik Lille, Mieczysław Lurczyński, Jerzy Merkel, Ludmiła Murawska-Peju, Adam Muszka, Mela Muter, Małgorzata Paszko, Leon Piesowocki, Marek Rudnicki, Witold Urbanowicz, , Wacław Zawadowski i inni.
Kolekcja sztuki polskiej ze Stanów Zjednoczonych, Kanady, Izraela, Italii, Niemiec, Szwecji, Argentyny, Australii, Danii, Libanu i innych krajów dopełnia obraz zbiorów Muzeum Uniwersyteckiego. Na uwagę zasługują m.in.:
dar Romana Romanowicza – prace i archiwum Stanisława Szukalskiego z USA
dar Bronki Michałowskiej z Kanady – prace własne i spuścizna zapisana testamentem
dar Polish-Scandinavian Research Institute – prace Piotra Łabużka (Baro) z Danii
Zbiory Muzeum Uniwersyteckiego uzupełniają:
sztuka europejska i światowa oraz przedmioty kultury materialnej
kolekcja prof. Wiesława Litewskiego
kolekcja Aleksandra Wernera
sztuka polska w Wilnie i Toruniu
kolekcja prof. Konrada Górskiego
świadectwa i pamiątki historii nauki w Wilnie i Toruniu
togi, insygnia i portrety rektorów UMK
pamiątki po profesorach absolwentach UMK i USB
przedmioty warsztatu naukowego UMK